Nghị định 359/2025/NĐ-CP: Quy Định Mới Về Thuế GTGT Nông Lâm Thủy Sản & Hoàn Thuế (Hiệu lực 01/01/2026)

Ngày 31 tháng 12 năm 2025, Chính phủ đã chính thức ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng. Đây là văn bản pháp lý cực kỳ quan trọng đối với các doanh nghiệp kinh doanh nông, lâm, thủy hải sản và các đơn vị đang chờ hoàn thuế. Cùng Tư Vấn DNL phân tích chi tiết những thay đổi mang tính bước ngoặt này.

1. Điểm mới về Thuế GTGT hàng Nông, Lâm, Thủy sản

Thay đổi lớn nhất tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP là việc bổ sung Khoản 1b vào sau Khoản 1 Điều 4, phân loại rõ ràng các trường hợp chịu thuế và không chịu thuế đối với sản phẩm sơ chế².

Cụ thể, đối với các sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, nghĩa vụ thuế được xác định như sau:

a. Trường hợp KHÔNG PHẢI kê khai, tính nộp thuế GTGT (B2B)

Theo quy định mới, Doanh nghiệp, Hợp tác xã (HTX) nộp thuế theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm cho Doanh nghiệp, HTX khác ở khâu kinh doanh thương mại thì:

• Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
• Trên hóa đơn GTGT, dòng thuế suất không ghi và gạch chéo.
• Bên mua vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Lưu ý từ Tư Vấn DNL: Quy định này giúp giảm áp lực tài chính và thủ tục cho các doanh nghiệp thương mại nông sản. Nếu bạn đang có dự định khởi nghiệp trong lĩnh vực này, hãy tham khảo ngay Dịch vụ thành lập công ty trọn gói của chúng tôi để được tư vấn mã ngành nghề phù hợp.

b. Trường hợp tính thuế suất 5%

Doanh nghiệp, HTX phải tính và nộp thuế GTGT mức 5% nếu bán sản phẩm sơ chế cho các đối tượng sau:

• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
• Các tổ chức, cá nhân khác (người tiêu dùng cuối cùng).

c. Trường hợp tính thuế 1% trên doanh thu

Đối với Hộ kinh doanh, cá nhân, doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp:

Khi bán sản phẩm nông, lâm, thủy sản sơ chế ở khâu thương mại, số thuế phải nộp được tính theo công thức:

Thuế GTGT phải nộp = Doanh thu x 1%

2. Tháo gỡ “nút thắt” Hoàn thuế GTGT (Điều khoản chuyển tiếp)

Rất nhiều doanh nghiệp thời gian qua gặp khó khăn trong việc hoàn thuế do cơ quan thuế yêu cầu xác minh việc nộp thuế của đầu vào (người bán). Nghị định 359/2025/NĐ-CP đã đưa ra giải pháp tháo gỡ tại Điều 2.

Theo đó, đối với hồ sơ hoàn thuế đã nộp và được tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa có Quyết định hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế sẽ xử lý như sau:

• KHÔNG yêu cầu phải đáp ứng điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng” đối với hóa đơn đầu vào.

Đây là tin vui lớn, giúp giải phóng nguồn vốn đang bị “treo” của doanh nghiệp. Nếu hồ sơ của bạn đang gặp vướng mắc, hãy liên hệ Dịch vụ Kế toán – Thuế của DNL để được hỗ trợ giải trình.

3. Hiệu lực thi hành

Nghị định 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2026. Đồng thời, bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 của Nghị định cũ.

4. Nội dung Nghị định 359/2025/NĐ-CP về thuế GTGT hàng nông sản

NGHỊ ĐỊNH

Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng

Căn cứ Luật Tổ chức Chính phủ số 63/2025/QH15;

Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15 và Luật số 149/2025/QH15;

Theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính;

Chính phủ ban hành Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng

1. Bổ sung khoản 1b sau khoản 1 Điều 4 như sau:

“1b. Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Trong đó:

a) Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng.

b) Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng như hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5% quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định này.

c) Hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì tính thuế giá trị gia tăng phải nộp theo doanh thu bằng 1% (tỷ lệ %) nhân với doanh thu.”

2. Bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39.

Điều 2. Điều khoản thi hành

1. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.
2. Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng đã nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và đã được cơ quan quản lý thuế tiếp nhận trước ngày 01 tháng 01 năm 2026 nhưng cơ quan quản lý thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.
3. Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các tổ chức, cá nhân có liên quan chịu trách nhiệm thi hành Nghị định này.

5. Tải Nghị định 359/2025/NĐ-CP (Bản gốc)

Để thuận tiện cho việc tra cứu và lưu trữ hồ sơ pháp lý, Quý doanh nghiệp có thể tải về toàn văn Nghị định tại đây:

6. Lời khuyên từ chuyên gia Tư Vấn DNL

Việc phân định rõ trường hợp nào “không phải kê khai thuế” và trường hợp nào chịu thuế 5% hay 1% là rất quan trọng để tránh bị truy thu thuế sau này. Đặc biệt các doanh nghiệp thương mại nông sản cần rà soát lại quy trình xuất hóa đơn ngay từ đầu năm 2026.

Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp vướng mắc về cách viết hóa đơn theo quy định mới hoặc cần hỗ trợ thủ tục hoàn thuế theo điều khoản chuyển tiếp, hãy liên hệ ngay với chúng tôi.

CÔNG TY TƯ VẤN DNL

• Hotline/Zalo: 0949 883 779 (Mr. Danh) – 0332 234 456
• Website: www.mocongty.net
• Email: tuvandoanhnghiep.dnl@gmail.com
• Địa chỉ TP.HCM: 567/107/6 Lê Văn Khương, Tân Thới Hiệp, TP.HCM
• Địa chỉ Đà Nẵng: 171/3 Tôn Đản, An Khê, Đà Nẵng
• Địa chỉ Lâm Đồng: Thôn 2, Đạ Tẻh 2, Lâm Đồng